📄 Category

systems biology

135 ورقة بحثية

📄 systems biology

Projection criteria and information risks forzero-dimensional biological dynamics across molecular,epidemic, and ecological systems

تثبت هذه الدراسة أن دقة إسقاط الأنظمة البيولوجية العشوائية المكانية على نماذج قائمة على العدّ صفرية الأبعاد تعتمد على شرط "التجميع" (lumpability) لمعدل التجميع، وتُبين أن المخاطر المعلوماتية المستمدة من الارتباطات المكانية تعمل كتشخيصات متينة وقابلة للنقل للتنبؤ بالفشل العملي لهذه التقريبات ذات المجال المتوسط عبر المقاييس الجزيئية والوبائية والبيئية.

Oosawa, C.2026-08-10
📄 systems biology

Improved Metabolic Flux Estimations through Compositional Data Analysis

تقترح هذه الورقة وتتحقق من صحة إطار عمل لتحليل البيانات التركيبية لتحليل التدفق الأيضي النظائري (I-MFA) يستخدم تحويلات النسبة اللوغاريتمية المتساوية القياس لاستبدال حسابات المسافة الإقليدية القياسية، مما يقلل بشكل كبير من أخطاء التقدير ويضيق فترات الثقة مقارنة بالطرق التقليدية.

Carlsen, A. S., Chen, T., Cowie, N. L., Brinch, C., Groves, T., Nielsen, L. K.2026-08-10
📄 systems biology

Deep Mechanistic Models reveal pathway-extrinsic drivers of mammary MAPK signalling heterogeneity

تقدم هذه الورقة النماذج الميكانيكية العميقة (DMMs)، وهي إطار عمل يدمج تعلم التمثيل شبه المُشرف مع نماذج المعادلات التفاضلية العادية للكشف عن أن عدم تجانس إشارات MAPK في الثدي مدفوع أساساً بعوامل خارجية المسار بدلاً من التباينات الجوهرية في المسار، بينما يستخدم في الوقت ذاته التباينات في النماذج لتحديد آليات بيولوجية جديدة.

Fabrini, G., Froehlich, F.2026-07-31
📄 systems biology

Covariant Biochemical Systems Theory: cBST1~cBST3 Descriptors and Quantitative Validation

تقدم هذه الورقة تسلسلاً هرمياً متغاير التباين من الواصفات (cBST1–cBST3) لنظرية الأنظمة البيوكيميائية يضمن اتساق الإحداثيات تحت إعادة المعلمة غير الخطية، وتثبت من خلال التحقق الكمي على نماذج تحلل السكر في الخميرة أن هذه الحدود ذات الرتب العليا تقلل بشكل كبير من أخطاء التقريب وتتنبأ بدقة بسلوك البتر مقارنة بالطرق الكلاسيكية.

Oosawa, C.2026-07-29
📄 systems biology

Structural characterization of stochastic detailed balance in chemical reaction networks

تُصنف هذه الورقة البحثية بشكل منهجي اعتماد الحجم على التوازن التفصيلي العشوائي في شبكات التفاعل الكيميائي من خلال تقديم تصنيف رباعي الأنواع، يميز بين التوازن المعتمد على المعلمات والتوازن المفروض بنيوياً، ويحدد فئات الشبكات التي تحقق التوازن التفصيلي لجميع الأحجام وثوابت المعدل مع تمكين بناء أنظمة ذات جهود عالمية ثنائية البئر.

Ma, S., Li, Y.2026-07-28
📄 systems biology

Proteome-wide QTL mapping enables gene-protein-phenotype metabolic network construction in a genetically diverse MASLD mouse model

من خلال دمج التنميط البروتيني العميق مع رسم خرائط سمات الصفات الكمية (QTL) في نموذج فأر متنوع جينياً لمرض MASLD، تبني هذه الدراسة شبكة شاملة من الجينات والبروتينات والأنماط الظاهرية تحدد إنزيم يوبيكويتين ليغاز E3 المعروف بـ Ubr1 كمنظم مركزي يربط بين استقرار البروتينات واستقلاب الدهون وبين القابلية للإصابة بالمرض.

Robinson, M. L., Benegiamo, G., Liu, W., Williams, M. T., Smith, G. I., Klein, S., Auwerx, J., Coon, J. J.2026-07-28
📄 systems biology

Unlocking substrate specificities of human solute carrier proteins using untargeted metabolomics

تقدم هذه الدراسة منصة ميتابولوميات غير مستهدفة وقابلة للتوسع باستخدام بويضات ضفدع إكسينوبوسس المحضنة في مصل بشري، وذلك لفك التشفير بنجاح وتوصيف خصوصيات الركيزة لخمسة من بروتينات ناقلات المحلول البشرية، مما أدى إلى استعادة الركائز المعروفة وتحديد نواتج الأيض الجديدة المنقولة.

Zhang, Y., Stanchev, L. D., Schulz, F. C., Rago, D., Acevedo-Rocha, C. G., Santos Delgado, A., Kell, D. B., Borodina, I.2026-07-28
📄 systems biology

Study on Liver Sinusoidal Endothelial Cell Fenestrations Based on Cellular Omics-Structure Integration Technology and Its Application in Metabolic Diseases

تقدم هذه الدراسة منصة مبتكرة للتكامل بين الأوميكس الخلوية والبنية الفائقة (COSI) تعمل على رسم خرائط التعبير الجيني للخلية الواحدة والبنية الدقيقة فائقة الدقة في آن واحد لتحديد مجموعات جينية محددة تتحكم في ثقوب الخلايا البطانية الجيبية الكبدية، مما يوفر علامات جزيئية جديدة لتقييم وعلاج الأمراض الأيضية مثل التهاب الكبد الدهني غير الكحولي (NASH) وداء السكري.

Wei, Z., Chen, J., Aronova, M. A., Leapman, R. D.2026-05-28
📄 systems biology

MORPHE: Bridging Image Generation and Spatial Omics for Tissue Synthesis

إن MORPHE هو إطار عمل للذكاء الاصطناعي يجسّر الفجوة بين الأوميكس المكانية وتوليد الصور من خلال رسم خرائط للهويات الخلوية المنفصلة والعلاقات المكانية في فضاء كامن مستمر، مما يتيح تخليق وإعادة بناء وتوسيع البنى النسيجية المخلصة بيولوجياً بدقة الخلية الواحدة عبر مجموعات البيانات ثنائية وثلاثية الأبعاد.

Feng, Y., Robers, Z., Rasheed, L., Miao, Y., Wen, S., Lee, K., Sohigian, J., Brbic, M., Hickey, J. W.2026-05-28